Laptop & Festplatte mit Systempartition über TrueCrypt sichern?

Ich habe mir einen neuen Laptop besorgt, den ich für alles benutze und überall mitnehme. Somit beinhaltet er sensible Dateien und ist wegen der Mobilität höheren Risiken ausgesetzt (Diebstahl, Beschädigung, Trojaner-Einschleusung etc.).

Im Laptop ist eine SSD eingebaut, auf der nur Linux und Softwareprogramme drauf sind.

Ich habe eine externe HDD, auf der Windows Vista Home Premium samt Programmen und meine Dateien (Bilder, Videos, Softwareprogramme, Dokumente) drauf sind.

Ich habe auch einen USB-Memory-Stick.

Mit TrueCrypt Pre-Boot Authentication lässt sich eine Windows-System-Partition komplett verschlüsseln. Da ich aber meine HDD extern benutze, indem ich ihn an meinen Laptop über USB verbinde, kann ich auf meine Dateien zugreifen, wenn ich über Linux auf meiner SSD gebootet habe oder geht das dann nicht, weil die HDD komplett verschlüsselt ist, da darauf nur die Windows-System-Partition sich befindet?

Der Grund, weswegen ich die TrueCrypt Pre-Boot Authentication gegenüber einzelner Datei-Verschlüsselung mag, ist der, dass ich verhindern will, dass auf meiner HDD Trojaner/Keylogger/Viren oder andere Malware eingeschleust werden, denn wenn der Dieb meine Dateien nicht stehlen kann, so will er heimlich solche Malware einbinden.

Ich würde auch gerne meine SSD, auf der Linux drauf ist und die im Laptop eingebaut ist, ähnlich verschlüsseln. So kann ohne Passwort mein Laptop nicht gebootet werden. Könnte ein Krimineller trotzdem irgendwelche Malware in meinen LAPTOP einschleusen, z.B. indem die SSD aus meinem Laptop rausgenommen wird, eine eigene Festplatte eingebaut wird, ein Betriebssystem draufgespielt wird und dann so Malware im BIOS oder sonstwo außerhalb der Festplatte eingefügt wird, damit, wenn meine SSD wieder eingefügt wird, diese Malware sich auf meine Festplatte einnistet und so meine Dateien vernichtet, wenn mein Laptop gebootet wird oder über das Internet heimlich verschickt wird?

Ich kann nämlich bei meinen Reisen meinen Laptop nicht immer und überall mitnehmen und muss ihn manchmal irgendwo unbeaufsichtigt lassen, wie z.B. im Hotelzimmer.