Wie macht man Notizen in eine Texteditor?

Ich versuche immer mein deutsches Sprachgut zu verbessern, und ich lese deshalb ein menge E-Bücher auf Deutsch, sowohl Fachliteratur als Prosa, im Pdf-Format. Ich habe nun das Problem, das ich Notizen in der Marge machen möchte, aber wie tut man das. Ich habe versucht den Text im Words-Programm zu kopieren, wenn es ist möglich, aber schreibt man etwas wird der Rest des Textes mit z.b. Zeilenwechsel beeinflusst. Gibt es überhaupt ein Programm, wo man Notizen in der Marge machen kann. Wenn sie mein Problem verstanden haben, und eine Lösung zu diesem kennen, werde Ich Sie dankbar, wenn Sie mir diese erklären könnten. Im Voraus vielen Dank