Beide Programme sind auf ihre weise sehr mächtig. Skilab ist die Alternative zu Matlab, kann also auch zu numerischen Berechnungen u.a. mit komplexen Zahlen eingesetzt werden. GNUPlot ist generell zum Plotten von x-beliebigen Funktionen und Datensätzen geeignet. Beide Programme unterstützen dezimale oder logarithmische Skalierung und sind zudem kostenlos. Gewöhnungsbedürftig ist die Bedienung über Kommandozeile, was aber sehr schnell erlernbar ist.
also kostenlos kenn ich nur wolframalpha: http://www.wolframalpha.com/input/?i=f%28x%29+%3D+x%C2%B2+-+2x+%2B+4 hab einfach mal eine funktion eigegeben damit du siehst wie das aussieht. hier kannst du aber nichts an der darstellung einstellen. :/
ansonsten finde ich das programm "derive 6" ganz hilfreich. denke aber nicht, dass du das kostenlos bekommst